Creado en 1906 para honrar la memoria del libertador don José de San Martín, este departamento cuenta como su máximo atractivo turístico los restos arqueológicos del Gran Pajatén, perteneciente a la cultura Chachapoyas. La primera población española establecida en la Amazonía fue Moyobamba, fundada en 1539 por Hernando de Alvarado, ciudad que sirvió de cuartel para organizar y realizar expediciones de conquista y misiones evangelizadoras.
En la segunda mitad del siglo pasado San Martín gozó de esplendor económico gracias a la producción y exportación de de paja bombonaje o toquilla, con la aparición de numerosos negocios locales.
La construcción de la Carretera Marginal de la Selva, en la década de los años sesenta, le permitió conectarse con el resto del país.